De regionale komiteer fører tilsyn med, at forskningsprojekter udføres i overensstemmelse med den meddelte tilladelse. Dette gælder dog ikke kliniske forsøg med lægemidler, hvor Lægemiddelstyrelsen er tilsynsmyndighed.
De regionale komiteer har normalt også kontrolopgaven i de tilfælde, hvor et projekt er godkendt af NVK.
Kontrol kan gennemføres ved inspektion på forsøgsstedet, og komiteen kan som led i kontrollen kræve at få udleveret alle relevante oplysninger om forskningsprojektet, herunder også oplysninger om forsøgspersonernes heldbredsforhold mv. Komiteen kan også kræve et projekt ændret eller i særlige tilfælde standse projektet.
Der er udarbejdet en kontrolmanual til brug for de regionale videnskabsetiske komiteers kontrol af godkendte forskningsprojekter. Komiteen kan desuden følge et projekts forløb og kræve, at den afsluttende forskningsrapport eller publikation sendes til komiteen. Komiteen kan afkræve en begrundet redegørelse af den forsøgsansvarlige eller sponsoren i tilfælde, hvor projektet ikke fuldføres. Dette gælder både for ikke-lægemiddelforsøg og lægemiddelforsøg.