Forskning skal respektere menneskers ret til autonomi. Det betyder, at forskning skal respektere menneskers ret til at træffe deres egne beslutninger – i overensstemmelse med deres egne værdier og overbevisninger. Helt generelt fordrer hensynet til autonomi, at voksne habile mennesker i vid udstrækning skal have mulighed for at bestemme over deres eget liv. Autonomiprincippet fordrer således, at man ikke manipulerer med andre, eksempelvis ved at give dem forkerte oplysninger, eller ved at tilbageholde oplysninger, som kan forventes at have indflydelse på deres beslutninger. Dette princip fordrer også, at man ikke presser folk, eksempelvis ved at sætte omkostninger på deres valgmuligheder, og at man ikke tilskynder andre til at handle mod deres bedste interesser eller værdier, eksempelvis ved at betale dem for at tage meget store risici.
Deltagere i kliniske forsøg skal således (i hvert fald i udgangspunktet) give deres samtykke, før de må indgå i videnskabelige forsøg. Det betyder blandt andet, at deltagere skal oplyses tilstrækkeligt om eventuelle risici, ulemper og belastninger, der er forbundet med at deltage i forsøget. Det betyder også, at deltagere ikke må manipuleres, presses eller urimeligt tilskyndes til at give samtykke.
Hensynet til autonomi kræver dog vel at mærke mere, end at deltagere underskriver en samtykkeerklæring. Det er et vedvarende hensyn gennem hele forsøget. Det betyder blandt andet, at deltagere skal informeres, hvis der opstår nye relevante oplysninger, og at forsøgsdeltagere skal have mulighed for at forlade et forsøg uden at give en begrundelse og uden nogle negative konsekvenser for deres videre behandling.
Hensynet til autonomi indebærer også, at der er grænser for, hvor vedholdende man må være omkring rekruttering af potentielle deltagere, og hvor insisterende man må være omkring opfølgning af forsøgsdeltagere via telefonopkald eller breve. Endelig fordrer hensynet til autonomi, at forsøgsdeltagere både skal have mulighed for at fravælge oplysninger om eventuelle tilfældighedsfund og sekundære fund, der måtte opstå under et forsøg, og mulighed for at modtage oplysninger om forsøgets resultater efter dets afslutning, hvis de ønsker det.